第二部分的物流是指買方，賣方或流通公司組織的物流活動。這些組織的主要業務是購買和銷售商品，投資建設物流網絡，設施和物流設備以銷售商業需求，并開展特定物流業務的組織和管理。嚴格來說，致力于第二方物流的公司屬于經銷商。第二部分的物流是公司的物流系統，是公司完全自主物流模式與完全分包物流模式之間的物流模式。這些公司擁有更大的自主權。但是，第二部分所采取的后勤工作也存在以下問題：
(1)自給自足的運輸車輛和倉庫導致物資申請人(主要是商務部)的運營成本過高。在低利潤的商業運營時代，商業企業難以承受這些費用。
(2)由于商品市場需求不平衡，商業企業難以合理配置物流設施。無論它們如何配置，它們都可能導致浪費或物流能量負荷。
(3)商業企業的核心競爭力在于銷售商品的能力，而物流業不是核心競爭性業務。因此，參與物流業務的成本通常高于專業物流公司。
(4)商業公司很難參與物流建設有效的物流網絡，幾乎不可能滿足及時的交付要求。
(5)隨著第三方物流的增加和日益完善的物流服務的提供，第三方物流的一些原有優勢逐漸喪失。
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